En 1999, le gouvernement du Canada a transféré le contrôle et l'exploitation de l'aéroport à Saint John Airport Inc, une société aéroportuaire autofinancée, sans participation, à but non lucratif. L'aéroport compte de nombreuses parties prenantes, notamment les communautés locales desservies, les transporteurs aériens, les passagers et les entreprises locales. Conformément aux meilleures pratiques habituelles de gouvernance d'entreprise, les aéroports sont gérés par un conseil d'administration qui assure un contrôle approprié de l'équipe de direction. Les personnes nommées au conseil d'administration de l'Aéroport possèdent un large éventail de compétences, d'expérience professionnelle et d'expertise. L'expertise en matière d'aviation n'est qu'un ensemble de compétences important, mais il en existe d'autres, notamment dans les domaines de l'ingénierie, du droit, du marketing et de la comptabilité financière.